Acá la respuesta directamente del SAT:
Para corregir declaraciones, por errores en el periodo de pago o concepto de impuesto declarado
1.Ingrese a Pago referenciado y seleccione Presentación de la declaración.
2.Seleccione el mismo periodo de la declaración que presentó incorrectamente y en Tipo de declaración, seleccione Complementaria y la opción Dejar sin efecto obligación.
3.El programa solicita que confirme la declaración que va a modificar, para lo cual muestra automáticamente los datos de la declaración que se desea modificar; en caso que confirme la modificación, el sistema ingresa ceros en todos los campos de la declaración complementaria que presenta. Envíe la declaración al SAT, quien a su vez le remitirá por la misma vía el acuse de recibo.
4.Presente la declaración correcta conforme al procedimiento ya señalado y, en Tipo de declaración, seleccione Normal o Complementaria.
5.En el caso que exista impuesto a cargo se debe pagar con la línea de captura, ya sea en el portal bancario por transferencia electrónica o en ventanilla bancaria, según corresponda.
http://www.sat.gob.mx/sitio_internet/e_sat/oficina_virtual/108_15141.html